Se riflashi la rom con il solo wipe cache ed il wipe dalvik cache non perdi nulla ma dal problema che hai non credo tu possa risolvere con il flash senza full wipe...non finirò mai di dire che il buon funzionamento di una rom è legato si ad un wipe completo ma questo può non servire a nulla se poi ripristinate i dati delle app...passi le applicazioni ma mai i dati