Con la precedente nessun problema, vado in recovery, flash del SuperSu, riavvio, l'aggiorno dal market e quando ha finito mi esce un messaggio che mi dice il metodo d'installazione e io metto normale. Finito e senza nessun problema.
Per ripristinare le app la soluzione migliore e più affidabile imho è Titanium Backup.
In un'ora fai tutto.