Premetto, non e stato facile capire qual'è il problema, ma spero che in parte ti posso rispondere:
1. per quanto riguarda i softkey per disattivarli devi seguire questi passaggi:
impostazioni-ROM CONTROL- TabletTweaks - Enable capacitive buttons ( togli il flag)
2. questa rom ti da la possibilità di scegliere solo 3 configurazioni 160dpi(tablet) 240dpi(smartphone) 320dpi( usato da nexus)
comunque ho provato anche io ad impostarlo a 240 dpi, e a differenza della cm9 , i tasti virtuali rimangono sempre attivi al centro dello schermo.