Niente alla fine con ore e ore di smadonnamento, grazie ad un aggiornamento che avevo comunque fatto con Kies son riuscito a sistemare le cose.
Ne approfitto per lasciare dei link per alcuni problemi riscontrati dagli utenti (compreso me) nella fase di RESTORE del backup fatto con Helium:
Unable to restore Helium backup! | Android Development and Hacking | XDA Forums
Helium (formerly Carbon) - Backup/Restore | Sony Xperia Z | XDA Forums
Helium (formerly Carbon) Restore issue | Google Nexus 4 | XDA Forums
[Q] Helium restore apps missing. | Samsung Galaxy Nexus | XDA Forums
Consiglio quindi, non usate il backup in modalità "PC download" ma fatelo direttamente su Memoria Interna o SD se potete, o altrimenti non vi leggera più il backup perchè verrà salvato con una struttura delle cartelle diversa.
Spero servi a qualcosa ;-)
Grazie, Saluti