Allora avevo ragione io: era la recovery modificata (nel mio caso la CWM) e non il root che dava noia all'aggiornamento OTA...
Anche se devo dire che quest'ultima mi ha salvato da un brick del telefono, dato che se non facevo i wipe da lì, il Nexus era ancora oggi con le palle colorate che giravano... Mi sa che la reinstallo!!!