Il mio riferimento non era tanto alla perdita della garanzia con il root, su cui spesso i produttori fanno finta di niente, ma piuttosto sul fatto che cancellando tutto di fatto hai eliminato la possibilità di scoprire perché quei file siano scomparsi .
Fare qualcosa tipo uno scandisk ora, IMHO, è inutile.
I file, nei file system oggi in uso, sono un insieme di byte scritti "a caso" in qualche punto della memoria, con un indice scritto in una tabella (poco importa che si parli della FAT di Windows o di inode nei fs della famiglia ext), che lega il nome del file ai byte sopra descritti e ad altre informazioni.
Se a cancellarsi (corrompersi in realtà) è qualche pezzo di file qua e la, il file viene corrotto, ma non sparisce magicamente nel nulla e, in pratica, risulta comunque visibile con file manager o altro, e in caso di "pochi errori" di solito il file è tranquillamente apribile, grazie a semplici meccanismi autocorrettivi.
Se il file sparisce, mi aspetto che a corrompersi sia quindi la tabella contenente gli indici, e di solito quando si corrompe quella tabella, dato che ogni file ha un indice di dimensioni uguale a quello degli altri, e dato che il 99% dei file sono file di sistema, la probabilità che a sparire siano stati solo i tuoi file è piuttosto bassa.
Se la memoria avesse problemi, è molto probabile che il tuo tablet iniziasse a dare i numeri con app bloccate e errori vari.
Sinceramente penso che se i file sono spariti, è colpa di fattori esterni come qualche generico casino successo nell'attaccarlo al pc con Windows, o per qualche virus (?).
Ed ecco perché non penso che sia stata una buona idea cancellare tutto prima di aver capito il problema