Premetto che ho la rom stock, col launcher stock, il terminale non è rootato. Quindi se a qualcuno non capita con altre rom può essere assolutamente irrilevante, fatto sta che era un problema che avevo anche con le nightlies CM7 sul Legend, e in particolare (credo) dal passaggio alla 2.3.4.
In pratica dopo un reboot, il nexus si dimentica le impostazioni sulle applicazioni preferite. Ad esempio usando opera, dopo ogni reboot mi viene chiesto se voglio usare lui o il browser android, quando apro un link o anche selezionando l'icona del browser su launcher2. E' effettivamente così per tutti? Ricordo, con rom e launcher originali.