Consiglio: copia tutto il contenuto della tua SD in una cartella sul tuo PC, formatta la tua SD eliminando anche la partizione ext se ce l'hai, quindi ricrea la partizione ext (se la vuoi) e ricopia i files che avevi salvato su pc...Se dovesse ancora ripresentarsi il problema, riesegui il tutto ma aggiungendo in più una formattazione anche alla MBR (master boot record), puoi farlo tramite gparted