Si è quello che avevo pensato. Solo che per riconfigurare tutto mi ci vuole quasi una giornata, tra installazioni e inserimento di username e password (Evernote, Dropbox, Springpad, etc.) per tutte le applicazioni.
La mia domanda è se è possibile che un programma, magari tra quelli che si avviano in automatico, possa "dar fastidio" a Skype. Io credevo che ogni applicazione fosse sandboxed e che quindi non potesse intaccare un'altra app: non è così? Prima di perdere un'altra giornata volevo qualche certezza in più che io stia percorrendo la strada giusta per risolvere il problema.
Comunque sia, una mancanza che sento molto in Android è un programma, possibilmente di Google o al massimo del produttore del telefono (nel mio caso Samsung), che consenta di fare il backup completo del telefono, con tutti i messaggi, le impostazioni e i dati dei programmi e faccia tornare il telefono bello e pronto. So che questo è possibile con i privilegi di root, ma dovrebbe essere una cosa molto più semplice e di serie per tutti, alla portata di tutti. Speriamo nei nuovi firmware.