Capisco, allora non so.
L'unica volta che ho provato link2sd avevo creato sula scheda due partizioni primarie, la prima ntfs e la seconda ext2, che era quella che veniva poi vista dall'applicazione, e me la rilevava correttamente, però io sono ancora su Gingerbread. Se puoi riformattarla, magari prova con partizioni primarie anzichè logiche, e vedi se cambia qualcosa.