In teoria no,a me é successo proprio questo con supersu che con il flash si era installata di sistema alla riaccenzione dopo l'ota non l'ho piu trovata, quindi il sistema era stato sovrascritto ...........ma solo in teoria io non rischierei e la rimuoverei prima
P.s pensandoci bene se si tratta di un aggiornamento del firmware completo non dovrebbero esserci problemi perché riflasha sopra il nuovo system .img se invece si tratta di un aggiornamento incrementale (come é facile che capiti quando i tel. sono freschi di uscita ) credo che ci sia un controllo dell' integrità del system presente che potrebbe no mandare a buon fine l'ota .......motivo in piu per non rischiare per adesso salutoni