Io uso sleep as android e non ho mai avuto un freeze. Lo tengo sotto carica la notte, e tengo la connessione attiva.
È vero che è un problema di cyanogenmod, ma forse l'applicazione tiene il processore in wakelock e non lo lascia perdere il sync con l'ora, oppure è il wakelock della rete elettrica, che non permette al telefono di andare in deep sleep.
Provate comunque.
Nella versione gratuita potete settare la sveglia anche dopo la scadenza. È solo la funzionalità di monitoraggio del sonno che viene meno.