Aiuto e consigli modding Galaxy Nexus!

Salve a tutti, sono un fiero possessore di Galaxy Nexus e vorrei procedere con un cambio del kernel, della rom e ovviamente con il root, ma prima di procedere vorrei avere le idee chiare sui procedimenti!
Premetto che ho fatto molte ricerche su internet per cercare quante più risposte alle mie domande e anche per conoscere quanto più possibile sui procedimenti, anche sul Forum, ma ci sono ancora delle cose che non mi sono chiare e ringrazio in anticipo chi potrà fornirmi delucidazioni varie...
Io ho un Galaxy Nexus con Android 4.1.2, e cercando su internet ho visto che il modo più pratico per fare il root è con il toolkit, e da quel che ho capito sempre con il toolkit è possibile installare la ClockWorkTouch recovery! E fin qui è tutto chiaro, ma dato che vorrei anche mettere sul dispositivo il FrancoKernel per poter fare l'overclock mi vengono spontanee delle domande, tanto per iniziare, mettendo il nuovo kernel il telefono viene riportato allo stato di fabbrica? Perché se così fosse dovrei farlo quando sblocco il bootloader insieme al root! Un'altra domanda che mi viene è questa: dato che ci sono diverse versioni di kernel e diversi modi per metterlo sul dispositivo in base al sistema operativo che si ha, dopo aver installato il kernel rischio di avere problemi quando dovrò fare tipo un aggiornamento del sistema operativo? O addirittura non potrò fare degli aggiornamenti perché il kernel che ho messo è per un sistema operativo di versione precedente? Un'altra domanda riguarda la rom, ho cercato su internet dei tipi di rom e la loro possibile utilità ma da quel che ho visto molti cambiano rom solo per poter mettere versioni Android che non potrebbero aggiornare con quella stock, vorrei sapere a parte questo quali altre utilità potrebbe darmi una rom tipo la CyanogenMod e se ci sono eventuali svantaggi.
Grazie ancora a chiunque potrà essermi d'aiuto! ;)