Il comando per ricompilare "apktool b SystemUI SystemUI.apk", che errore ti da?
Il pacchetto di apktool che stai usando l' hai scaricato da google android-apktool - A tool for reverse engineering Android apk files - Google Project Hosting
Hai seguito qualche guida? Hai installato il framework?
Forza e coraggio ( piu' che altro serve tempo...)
Saluti, mario