Da PC tramite USB ci mette molto rispetto al solito, anche secondo me...
Molto probabilmente non hai più i permessi di root, era capitata una cosa simile pure a me... Fai una prova di questo genere:
Installa Titanium backup quando l'apps si avvia ti dovrebbe chiedere subito il consenso hai permessi se non te lo chiede o ti da errore molto probabilmente è andato storto qualcosa nell'installazione...
Forse si protrebbe risolvere riflashando SuperSU ma non ne sono sicuro...