Il file zip per reintegrare il root nella rom è disponibile al download. Tutte le impostazioni relative saranno sotto "Opzioni sviluppatore", proprio come prima.
https://download.lineageos.org/extras
Basta flasharlo una sola volta, come le gapps, senza doverlo rifare ad ogni aggiornamento delle nightly: c'è un apposito script di backup in /system/addon.
Per chi avesse già rootato con Superuser di phh basterà riflashare la rom (senza alcun wipe), il file zip scaricabile dal link postato sopra e poi disinstallare l'app Superuser.
Per chi ha usato SuperSU credo che basti l'unroot dall'app + flash della rom + flash zip su-addon.