Se non hai stock non ti possono venire gli aggiornamenti OTA, nulla di cosi' "preoccupante" se scarichi le factory image da google stessa.
Dovresti usare un software come Titanium Backup o Helium per salvare il contenuto delle app e i dati, poi trasferire il contenuto della sdcard virtuale su pc. Per il resto il tool mi pare abbastanza esplicativo.