sdolitamente il backup delle app di sistema io non lo faccio mai... per le app normali o igiochi non ci dovrebbero essere problemi, anche perchè il salto di versione dalla 3.3 alla 3.5 è breve.
per il tema non saprei dirti...in teoria è compatibile con la 3.3 ma credo che qualcuno l'abbia già provato sulla 3.5...