perdita dati dopo update

Salve a tutti!
Ho effettuato ieri sera con successo (o almeno credevo) tutta la procedura della guida per hboot, s-off, ecc. (rom scelta ->fallout), prima volta che faccio un modding al cellulare.

Ora mi sono dimenticato di formattare la SD durante la procedura (era da formattare?? non ho ben capito), infatti una volta installate le app dallo store, molte delle preferenze risultano ancora presenti.

Dato che funzionava tutto a meraviglia, non mi sono preoccupato della dimenticanza. Oggi mi accingo a cambiare radio per problemi di ricezione del segnale. Allora riavvio in recovery e mi dice se voglio effettuare un update...gli dico no, ma poi non mi lascia fare niente. Allora gli dico si...fa quello che deve fare, riparte tutto e.......mi ritrovo il telefono come ieri sera appena messa la nuova rom...niente app, home come appena uscito dalla scatola.

1) Come è possibile?
2) Devo rifare tutto il procedimento della guida da capo (poco sensato visto che il telefono è già s-off) oppure formatto solo la sd (dopo un backup) ?

Grazie mille...sono un po' alle prime armi come avrete intuito