generalmente non hai bisogno di formattare la SD,tantomeno di salvare tutto il contenuto della stessa su PC
tuttavia se fai un backup della SD sul PC fa sempre comodo,non si sa mai.
di norma dovresti fare cosi':
-backup delle applicazioni/dati con titanium backup
-salvi lo zip della rom sulla SD
-vai in recovery e fai "format all partition except SD" poi "wipe factory reset" dopidichè "install from SD" e sciegli lo zip della rom
alla fine riavvii e...fatto!
sempre con titanium ripristini le applicazioni+dati che ti interessa ripristinare