Diciamo che è come se facessi FACTORY RESET da Recovery.. Rimane solo la partizione di sistema..
Io quando lo uso faccio così:
carico il firmware
faccio wipe (quello con lo swipe) poi entro in advanced e faccio tutti i wipe tranne OTG, poi faccio anche FORMAT DATA (Quello dove devi scrivere YES)
Riavvio e carico tramite OTG o SIDELOAD