1) Si è normale che sia scomparso l'aggio OTA in quanto viene modificato il file Settimg.apk.
La rimozione degli aggio OTA permettono un risparmio di circa 20 Mb di RAM (modifica by Modaco). Inoltre molti riteniamo gli oggio OTA poco utili in quanto l'OS viene solitamente aggiornato solo parzialmente infatti si scaricano solo pochi Mb mentre l'aggio standard è di circa 200 Mb.
Per ripristinarlo devi rimettere il Setting.apk che puoi trovare all'interno dello ZIP della Rebuild V20Q ma se non sei molto ferrato non toccare nulla.
2) Non sapendo quali componenti sono stati modificati, anche in riferimento ad altre tue modifiche che avrai apportato tramite altri ZIP, ti conviene un bel WIPE DATA/CACHE e ricaricare la Rebuild V20Q.