per eliminare le app pre-installate, hai fatto bene a fare il root. è l'unico modo. solamente ti sei fermato a metà. il rooting ti da solo i permessi necessari.
a questo punto devi procurarti una app apposita per disinstallare le altre app, che possa acquisire i permessi di root che ti sono stati concessi.
Il gestore applicazioni già installato in android non va bene perchè non è previsto che possa acquisire i permessi di root.
Io ti consiglio titanium backup, che oltre a disinstallare le app, fa tante altre cose utili. è un must-have.