francamente non ricordo se solo esegui il root alteri il sistema,,,, ma comunque presumo di si e comunque in "teoria" sei fuori garanzia lo stesso perchè sei root....
ma poi è inutile....rimani root e poi???
tranquillo flasha la deodexed e modda e divertiti...magari fai cosi....root e cwm sulla stock odexed e poi prima del flash della deodexed fatti un Nandroid completo da CWM recovery e lo tieni da parte