Penso che vengano sovrascitti , perchè collegati alla ROM , ma siccome non posso metterci la mano sul fuoco
la soluzione piu' semplice:
-Fai un backup da CWM.
-Installi la WIPE.
-Si riavvia e non avrai piu' app ed impostazioni. (telefono pulito
-Ritorni in Recovery e da CWM , selezioni "Restore">"Advance Restore" , da qui scegli solo "Data".
- Wipe Cache e Wipe Dalvik Cache
Al riavvio avrai nuovamente le tue app ed impostazioni ma con la Rom "pulita".
NB: questo è fattibile perchè provieni già da JVP