Quoto alla grande luigimk.
Dopo aver installato il tutto la cosa piu semplice da fare senza dover creare zip da flashare è quella che tramite root explorer ti porti l'apk da modificare sul pc, la decompili con apk_tool o apk_manager o apk_multi_tool (usa quello che vuoi), apporti le dovute modifiche, ricompili il tutto e una volta ottenuta l'apk modificata te la copi sul telefono e sempre con root explorer la riposizioni al posto giusto dandogli i permessi giusti........ riavvii e hai la tua apk modificata e funzionante (sempre che tutto sia stato fatto correttamente)