Se vi fa sentire piu' sicuri fatelo pure, non implica nessun danno ma come dicevo il wipe e' gia' incluso nel codice quando si lancia il nandroid restore "clearing cache, clear boot img" etc, e poi copia l'immagine in ogni partizione ripristinando esattamente il contenuto precedente:
.android_source - apps2sd information/apps stored on /sdcard
boot - boot image
cache - cache files stored on /cache
data - apps, dalvik other stuff on /data
recovery - recovery image
system - system apps, frameworks modules etc on /system
nadroid.md5 - md5 information
Se si fa il wipe prima il ripristino potrebbe andare male lo stesso in teoria.