E' normale che ad ogni aggiornamento il kernel venga sovrascritto, se vuoi che venga flashato in automatico dopo un aggiornamento, devi metterlo nella cartella Opendelta/flashafterupdate.
Per S3 non so se c'è un thread qui sul forum, dovresti controllare in quella sezione. La rom la trovi quì per la versione international e quì per la verione LTE.