Io ripartirei con una bella installazione pulita con wipe e format di tutto, o hai dei problemi che si trascinano di volta in volta o sbagli qualcosa, imho hai troppi problemi, io faccio quasi un flash al giorno e non li ho, ci sono utenti che altro che un flash al giorno, e non hanno tutti i problemi che hai tu.
Un consiglio: se fai una super pulizia, reinstalla le app da zero dallo store e non usare Titanium Backup, così elimini anche quella potenziale fonte di problemi.