1) quello che dicono altre guide è necessario comunque capire a cosa si riferisce (tipo di rom), ma questo poco ti importa, quindi le altre guide riguardano sicuro tutt'altro, a te interessa quel SuperSu nello specifico moddato appunto per la serie cm13.
La TWRP permette come un file manager di raggiungere un file zip flashable ovunque sia nel telefono, sia sdcard che external (microSd), in entrambi i casi, l'installazione va a buon fine senza nessuna differenza di directory,vale per tutti i tipi di flash.
2) i binari di SuperSu non dovrai mai aggiornarli perché il SuperSu (adattato) per cm13 ha binari stazionari, cambieranno solamente alle versioni successive dello stesso supersu (se e quando lo aggiorneranno).
i binari sono contenuti probabilmente in /system, ma sinceramente non mi è mai servito capire dove si localizzano i file (poco importa),quindi non posso colmare la tua curiosità.
sintesi:
quando flashi SuperSu per cm13, è gia un prodotto finito, non ci saranno aggiornamenti "OTA" o notifiche dello stesso!
sarà solo aggiornato (quando faranno nuova versione) solo ed escluaivamente visitando il thread su xda e flashando l'ipotecaria nuova versione (nuovo zip flashable):
http://forum.xda-developers.com/show...25&postcount=3
quindi ultima versione:
BETA-SuperSU-v2.67