Hai ragione ma, anche quando non scritto, quando si passa da stock firmware a custom rom è sempre consigliato (per non dire necessario) piallare tutto, proprio per prevenire i problemi che stai riscontrando.
In teoria potresti provare a eliminare il file .odex relativo al flashbar e vedere se va ma il consiglio è backup + full wipe + format system e nuovo flash della rom, solo così partirai da una base pulita.
Tutti i file .odex non dovrebbero proprio esserci, anzi mi stupisco che tu abbia solo questo problema...dovresti avere crash continui.