Samsung non fa questa distinzione, la garanzia è una soltanto. Se n'era già parlato ampiamente in un famoso thread dell'S4 (dal quale provengo) e posso confermarti che Samsung, con una nota mandata ai centri di assistenza, non accetta riparazioni in garanzia con il contatore Knox flaggato.
Quindi siate consapevoli delle conseguenze che comporta fare il root su questo telefono