Telefono bloccato sulla schermata di avvio - CM11+ BraveKernel

Premetto che non chiedo la risoluzione del problema (che come vedrete ho già risolto), bensì le possibili cause e il modo di evitare che si verifichi di nuovo.

Oggi prendo in mano il telefono (CM11 M9 stable + BraveKernel) e vedo che c'è il logo di Google di avvio sullo schermo, mentre avevo lasciato il telefono acceso. Provo a togliere la batteria un paio di volte e a riavviare, ma di blocca sempre sul logo Google. Allora entro in recovery (TWRP) e a riavviare, ms prima di fare lo swipe noti una scritta in alto che dice qualcosa come "nessun OS installato. Sei sicuro di voler riavviare il dispositivo?". Allora vado nel file manager della recovery, apro una cartella a caso, (system) e vedo che è vuota. Quindi faccio wipe system/cache/dalvik, installo rom/gapps/tastiera Xperia/BraveKernel (per fortuna non li avevo tolti dalla cartella download), rifaccio wipe cache/dalvik, riavvio e riparte normalmente.
Ho tutti i dati e tutte le applicazioni.
Una cosa che mi è sembrata curiosa, inoltre, è che durante l'avvio mi diceva "aggiornamento applicazione N di 75", mentre quando aggiorno il sistema/cambio ROM Mu dice sempre "N di 156" (circa).
Qualcuno ha un'idea di cosa possa essere successo? L'ho sempre tenuto in tasca...