In caso di root e recovery modificata non potrai flashare lo zip da recovery per due motivi perchè lo zip cercherà la recovery stock e ne troverà una modificata ( e ci sarà un possibile bootloop ) e perchè avendo il root modificato i file di sistema, installando l'ota i nuovi file confliggeranno con quelli variati.
L'unica maniera sarà quella di reinstallare il firmware originale via flashtool , installare gli ota e , successivamente, reinstallare TWRP e rifare il root ( sfortunatamente perderei le tue app e i tuoi dati e bisognerà reinstallarli ).