diciamo che non mi sembra stia troppo bene.
fai così:
scaricati MiFlash da questo link
scaricati l'ultima JLB disponibile da qui
segui la guida in OP, qui, dove spiega l'utilizzo di MiFlash [se mastichi l'inglese, qui ce n'è una più dettagliata]
scompatta il file .exe della JLB
avvia il telefono in fasboot mode [power + vol down]
avvia MiFlash e flasha la JLB
se nemmeno così funziona, direi che le speranze sono minime.
se hai bisogno di consigli o spiegazioni, chiedi pure.
ti rispondo domanda per domanda:
la rom la puoi installare su entrambi i system o solo su uno, è indifferente. tanto il telefono di default si avvierà con l'ultima rom flashata, che sia tramite updater app che via MiFlash.
non esiste un flashing migliore o peggiore, se tramite flashable .zip e updater app o se via MiFlash. fanno la stessa cosa. MiFlash installa la rom su system1, sempre, updater app la installa sul system opposto a quello da cui lo lanci.
puoi tenere qualsiasi rom tu voglia su entrambi i system, non c'è nessuna controindicazione. ma se vuoi usarle in maniera "alternata", tipo switchare tra una rom e l'altra, assicurati che entrambe siano odexed oppure deodexed. una odex e una deodex non possono condividere la partizione /data, quindi vanno in conflitto.