Le ultime sMIUI (parliamo di MIUI 7) vanno installate tramite Updater o MiRecovery (non sono supportate le Custom Recovery), quindi dovrebbe risultarti molto facile partendo da una MIUI (visto il "salto" io opterei per un fullwipe).
Per la questione partizioni unificate, in teoria e ripeto, in teoria, le ultime MIUI (e quindi sMIUI) dovrebbero essere funzionanti anche col layout originale.