Flashando il pacchetto di SuperSu non hai fatto che duplicare l'applicazione. Se fai una ricerca con un Explorer, inserendo in "Dispositivo" la parola SuperSu, vedrai che ce ne sono due. Nulla di male, solo qualche Gb in più ad occupare la memoria.
Prova, guardando in proprietà, a lanciare (tappandolo dall'explorer) il SuperSu più vecchio (cioè quello già installato nella rom) e vedi se funziona.
Altrimenti prova ad installare Busybox dal playstore e dovrebbe risolvere i problemi. Probabilmente all'inizio ti dirà che la versione non si installa, devi quindi scorrere nelle versioni precedenti fino a trovare quella che "gira" sul nostro (a me la 4.1).