Svantaggi per il momento direi solo la batteria che dura di meno...in quanto a modding e personalizzazione direi che i moduli non servono perché sono funzioni già integrate nella cm12s come il theme chooser che permette di cambiare il tema di ogni singola applicazione...inoltre con l app themediy puoi crearti i temi che vuoi te...
A quali moduli xposed ti riferisci?