Perfetto! Ora funziona tutto! E ho pure incluso tutti jar negli assets!
Il jar dell'equinox, che viene direttamente utilizzato dall'applicazione l'ho importato con Add jars, dopo avergli tolto il classes.dex (sennò non compilava, essendoci un duplicato), mentre gli altri jar che devono essere installati come bunldes da fuori hanno mantenuto il classes.dex. Quindi la cartella lib l'ho eliminata del tutto.
Unica pecca: da shell bisogna impostare chmod 777 dalvik-cache, sennò non ci scrive i .dex dentro e non parte.
Magari dovrei dare all'applicazione il permesso di root con process.exec("su"), anche se ho letto che questa procedura non è che sia più tanto valida, ora mi informo e vedo come fare.
Ad ogni modo, GRAZIE!