Non lo si fa dall'applicazione ufficiale Facebook mi sembra. Io poichè faccio un uso di Facebook molto limitato (pochissimi messaggi privati, poche notifiche ecc) mi accontento di un'applicazione chiamata Stream. E' un client decente, che ti manda notifiche e ti fa anche rispondere ai messaggi privati. Tra le sue opzioni, c'è sia la possibilità di bloccare l'aggiornamento in un certo lasso di tempo deciso da te (es: io ho bloccato dalle 2 di notte alle 9 di mattina), sia la possibilità di decidere ogni quanti minuti deve controllare se ci sono notifiche (io ho messo 30 minuti, tanto con l'uso scarso che ne faccio è inutile consumare batteria per avere "la diretta" ogni 1-2 minuti), sia appunto ciò che interessa a te: ossia dirgli di non sincronizzare più le notifiche Facebook al raggiungimento di una certa soglia di batteria, così uno se la può consumare per telefonare e non per le cavolate degli amici XD (io ho impostato 30% ma si può cambiare).
Ecco Stream
https://play.google.com/store/apps/d....for_wd.stream
Unico difetto è che a volte i messaggi privati ti arrivano in ritardo (a me è capitato una sola volta)