Ti sbagli,per capirlo è bene studiare android ,ogni sistema operativo(rom nel caso dell'android) crea inevitabilmente il cache dalvik in collegamenti con tutti i processi che andavano in esecuzione ,quindi miriadi di file in lettura,che con una nuova installazione non andranno assolutamente cancellati ma semplicemente ignorati dopo l'installazione (in teoria ;-)),ecco perchè conviene sempre fare un installazione pulita onde evitare sorgere dei rallentamenti ,conflitti e ecc...
Sarebbe consigliabile addirittura formattare anche la sd interna ,specialmente quando si tratta di un upgrade importante,tipo il passaggio da 4.1.2 al 4.3,pottresti anche non farlo,ci rimetteresti solo tu anche se userai il telefono felicemente e apparentemente senza problemi