Il tuo ragionamento è corretto ma se proprio dobbiamo essere pignoli il wipe data non basta. Infatti, se prima di flashare jb si facessero tutti i wipe usando una custom recovery sarebbe ancora meglio! Infatti flashare jb su un telefono privo di sistema (facendo il wipe system) è molto meglio in quanto, durante il flash,non viene sovrascritto gb con jb ma viene direttamente scritto jb. Questo evita possibili problemi dovuti alla sovrascrittura del precedente firmware.
In base alle esperienze di vari utenti fare un wipe data prima e farlo dopo non è la stessa cosa, il wipe post-flash risulta piú efficace anche se il tuo ragionamento a livello teorico è assolutamente corretto.