No, non hai rootato di nuovo il tuo device, quello che è successo è che la prima parte dell'eseguibile probabilmente non ha fatto assolutamente nulla, e la seconda, che avevo dimenticato, ha installato SuperUser (versione tra l'altro molto vecchia, quindi ti consiglio di cancellarla e continuare ad usare l'app che hai sempre usato per la gestione del root).
Il procedimento di root è strettamente legato alla versione di Android, può essere inoltre legato ad un Firmware Stock (quindi odexed), il modo in cui è compilato il file è in minima parte legato alla Recovery (può accadere infatti che alcune nuove Recoveries possano non essere retrocompatibili con file troppo vecchi).
Non esistono procedimenti per il root delle custom ROM (o meglio, potrebbe funzionare il procedimento per la corrispettiva Stock della stessa versione di Android) dato che esse vengono già rootate (non avrebbe senso farle con i permessi di root bloccati).
In caso di problemi con il root di una custom ROM, una volta esclusa la possibilità che sia l'app per la gestione a dar problemi, la miglior soluzione è quella che ti avevo suggerito nella mia prima risposta:
eventualmente riflasha la ROM, senza, o addirittura con, i vari Wipes.