Probabilmente è perchè non hai seguito bene il tutorial per le partizioni.
Su XDA è spiegato molto bene.
Il fatto è che entrambe le partizioni devono essere primarie altrimenti la app non la riconosce.
La partizione per l'applicazione può essere ext3 mentre quella più grossa, quella che il telefonino vedrà come SD , deve essere FAT32.
miazza