Aggiugere/Rimuovere apk da una rom stock o custom rom

[supersqualo]

Salve,
esiste qualche tool o qualche procedura per aggiungere o rimuovere apk da una rom?
Ho provato vari tool come gli unpack repack e altri tool ma o sono troppo vecchi o mi hanno creato un system.transfer.list incompatibile (non per android 5.1.1) perchè la versione creata è (1) mentre la versione originale di Lollipop è (2)
Quindi quando provo a flashare la rom modificata con unpack repack ricevo questo errore: unexpected transfer list version [1 ]

Ho anche provato a cambiare la versione con notepad++ e in effetti il flash inizia ma ovviamente non viene concluso poichè l'installazione va in stuck senza nessun tipo di errore
Allego i 2 system.transfer.list

ORIGINALE

2
146445
0
0
erase 2,0,262144
new 32,0,32767,32768,32770,32833,32835,33347,65535,65536,65538,98304,98306,98369,98371,98883,131071,131072,131074,163840,163842,163905,163907,164419,196607,196608,196610,229376,229378,229441,229443,229955,247047

Repack system.transfer.list

1
150644
erase 2,0,262144
new 84,0,64,65,179,579,580,4675,20050,20053,22476,22479,22487,22490,22491,22500,22506,22517,22671,22672,23814,23826,24082,24094,25259,25260,32767,32768,32770,32833,32834,33347,41193,41196,45537,45538,49457,49464,49622,49623,54103,54105,54112,54118,54139,54140,54141,54160,55263,55264,65535,65536,65537,98304,98306,98369,98370,98883,122919,122920,123534,123539,131071,131072,131073,163840,163842,163905,163906,164419,166592,166593,196607,196608,196609,229376,229378,229441,229442,229955,254995,254996,255021,255074,255906