OK non è un problema di Flashtool ma di windows . Cercando con quella dicitura ( windows può interrompersi così per ogni programma in esecuzione e non specificatamente per flashtool ) ho trovato questa soluzione da Microsoft :
Prova, intanto, ad effettuare una scansione del sistema operativo: digita sulla schermata Start prompt dei comandi > clicca con il destro del mouse > scegli, in basso a sinistra, la voce esegui come amministratore > una volta entrata nella schermata nera, digiti il commando dism.exe /Online /Cleanup-Image /RestoreHealth e dai l'invio.
Il comando inizierà ad analizzare i file di sistema e se trova file corrotti li ripristina automaticamente. Riavvia il Pc e verifica se il problema persiste.
Di più non posso aiutarti anche perchè sui forum che seguo è la prima volta che vedo questa problematica.
Forse ti converrebbe postare questo problema nella sezione windows.