Oppure , più semplicemente , con flashtool in modalità download only , selezionando solo il system e la recovery dal firmware stock ..., Il system sovrascriverà i file stock su quelli variati ( non verranno toccate le app e i dati personali ) così come la recovery .
Questo però se la rom fosse una rom ufficiale perchè come ho avuto modo di dire , facendo il flash del system con quelle disponibili , il sistema poi non vedrà più gli OTA quindi in questo caso consiglierei , come ha detto megthebest un unroot completo tramite SuperSu e solo un semplice flash della recovery.img