oggi mi è arrivato il Mi a2 lite e avevo lo stesso problema, cercando la soluzione ho trovato questa discussione.
La soluzione è semplice.
1) aprire l'App contatti nel PC
2) creare un etichetta fittizia utile a questo scopo ( potete chiamarla temp ad esempio).
3) selezionare tutti i contatti
4) in alto a destra compare un icona "gestisci etichette" cliccate sopra l'etichetta che avete creato in precedenza.
5) dopo aver verificato che sul telefono i doppioni sono scomparsi potete eliminare l'etichetta che avete creato a questo scopo. (cliccando ovviamente sulla spunta elimina etichetta e mantieni i contatti)