capisco il problema backup delle apk, che puoi ovviare rootando il tuo terminale e facendolo tramite Titanium backup root; ma se il tuo problema è salvare la tua rom stock, non lo vedo cme un problema, perchè c'è un post apposito dove prelevare le rom stock brand e nobrand.
se la tua intenzione è mettere, invece, una rom moddata, flashala pure, e poi ripristini le apk da Titanium.