probabilmente è quello che è successo a me la prima volta che ho usato la nuova CM13 , in pratica nelle impostazioni non conoscendo bene a cosa andavo incontro dopo , ho detto al sistema che utilizzi la sd come memoria interna, et voilà il sistema si è creato una sua partizione a cui non riuscivo ad accedere lasciando uno spazio di 16 mb liberi ( nella l'altra partizione) su 2 gb di scheda.
Allora per ripristinarla, devi estrarre la scheda dal cell, inserirla in un lettore di schede ( per le micro ci sono gli adattatori) e poi da li formattare tutta la scheda con i programmi che trovi su internet io ti consiglio MiniTool Partition Wizard. UNa volta installato vai sulla sd e prima elimini le partizioni e poi le formatti